Στην κατηγορία αυτήν υπάγονται όλες εκείνες οι καταστάσεις οι οποίες προκαλούν ανωοθυλακιορρηξία (δεν πραγματοποιείται δηλαδή απελευθέρωση του ωαρίου της γυναίκας στο μέσο του κύκλου της). Κυριότερος εκπρόσωπος αυτών είναι το σύνδρομο των πολυκυστικών ωοθηκών, αλλά και η πρόωρη ωοθηκική ανεπάρκεια.
Στην κατηγορία αυτήν ανήκουν όλες εκείνες οι παθολογικές καταστάσεις της ενδομήτριας κοιλότητας (δηλαδή του εσωτερικού της μήτρας) που εμποδίζουν στο να πραγματοποιηθεί η εμφύτευση του εμβρύου. Στην κατηγορία αυτή ανήκουν οι φλεγμονές της ενδομήτριας κοιλότητας, η ύπαρξη ενδομήτριων συμφύσεων, τα υποβλενογόννια ινομυώματα και οι ευμεγέθεις ενδομητρικοί πολύποδες.
Η ενδομητρίωση αποτελεί μια αγνώστου αιτιολογίας νόσο κατά την οποία έκτοπος ενδομήτριος ιστός αναπτύσσεται και σε άλλα σημεία της κοιλιάς της γυναίκας πλην της ενδομήτριας κοιλότητας όπως για παράδειγμα τις σάλπιγγες, τις ωοθήκες, το περιτόναιο, τις έλικες του εντέρου, την ουροδόχο κύστη αλλά και αλλού. Θεωρείται ότι το 20-25% των γυναικών που υποβάλλονται σε
εξωσωματική γονιμοποίηση η αιτία είναι η ενδομητρίωση. Πιστεύεται ότι η συγκεκριμένη νόσος προκαλεί γυναικεία υπογονιμότητα με ποικίλους μηχανισμούς.