Η εξωσωματική γονιμοποίηση σε φυσικό κύκλο αποτελεί μια εναλλακτική λύση από την κλασική
εξωσωματική γονιμοποίηση. Είναι δημοφιλής σε υπογόνιμα ζευγάρια, επειδή είναι χαμηλού κινδύνου, έχει χαμηλότερο κόστος σε σχέση με την εξωσωματική γονιμοποίηση με διέγερση και αποτελεί μια διαδικασία φιλική προς τον ασθενή.
Αυτό οφείλεται στο γεγονός ότι η εξωσωματική γονιμοποίηση σε φυσικό κύκλο προσφέρει στους ασθενείς τη διαδικασία της εξωσωματικής γονιμοποίησης με λιγότερα ή και καθόλου φάρμακα (που σημαίνει αμέσως λιγότερο κόστος και λιγότερες ενέσεις), λιγότερες παρενέργειες και λιγότερες επισκέψεις στο ιατρείο (γεγονός που οδηγεί σε λιγότερο άγχος). Επιπλέον, δεν υπάρχει κανένας κίνδυνος υπερδιέγερσης ενώ επίσης υπάρχει λιγότερη σωματική καταπόνηση ως αποτέλεσμα της ελάχιστης ποσότητας φαρμάκων που λαμβάνονται. Επίσης, η εξωσωματική γονιμοποίηση σε φυσικό κύκλο ελαχιστοποιεί την παραγωγή πλεοναζόντων εμβρύων.